Κάθε σύστημα αντίστροφης όσμωσης θα είναι μολυσμένο και χρειάζεται καθαρισμό. Επειδή συνήθως δεν υπάρχει μόνο ένας ρύπος όταν εμφανίζεται ρύπανση, η τυπική διαδικασία καθαρισμού περιλαμβάνει συνήθως δύο βήματα: καθαρισμό με χαμηλό pH και καθαρισμό με υψηλό pH.
Διαφορετικοί ρύποι πρέπει να καθαρίζονται με διαφορετικά καθαριστικά. Ο αλκαλικός καθαρισμός χρησιμοποιείται κυρίως για την απομάκρυνση μικροοργανισμών ή οργανικών ρύπων και ο καθαρισμός με οξύ χρησιμοποιείται κυρίως για την απομάκρυνση των αλάτων. Το καθαριστικό πρέπει να επιλέγεται ανάλογα με τον τύπο των ρύπων και τον τύπο της μεμβράνης για να αποφευχθεί η καταστροφή της μεμβράνης.
Η σειρά χρήσης των καθαριστικών πρέπει να καθορίζεται σύμφωνα με τα πραγματικά προβλήματα. Η συνήθης σειρά καθαρισμού είναι πρώτα πλύση με οξύ και μετά πλύση με αλκάλια.
Σε ορισμένες περιπτώσεις, εάν η ρύπανση είναι κυρίως οργανική ύλη ή μικροοργανισμοί, μπορεί να πραγματοποιηθεί πρώτα πλύση με αλκάλια, ακολουθούμενη από πλύση με οξύ και στη συνέχεια πλύση με αλκάλια.
Ο σημαντικός λόγος για τη λήψη του αλκαλικού πλυσίματος ως τελευταίο βήμα είναι ότι μπορεί να ανοίξει πλήρως τους πόρους της μεμβράνης μετά το τουρσί, έτσι ώστε να αποκατασταθεί η ροή παραγωγής νερού.
