Το σύστημα μεμβράνης βασίζεται στη συνεχή λειτουργία ως βάση σχεδιασμού, αλλά στην πραγματική λειτουργία, θα υπάρχει πάντα μια συγκεκριμένη συχνότητα εκκίνησης και τερματισμού λειτουργίας.
Όταν το σύστημα μεμβράνης είναι απενεργοποιημένο, το νερό διείσδυσης ή το προεπεξεργασμένο νερό πρέπει να χρησιμοποιείται για έκπλυση χαμηλής πίεσης για να αντικατασταθεί το συμπυκνωμένο νερό με υψηλή συγκέντρωση αλλά να περιέχει αναστολέα αλάτων από το στοιχείο μεμβράνης. Θα πρέπει επίσης να ληφθούν μέτρα για να αποτραπεί η διαρροή νερού από το σύστημα και η εισαγωγή αέρα, καθώς μπορεί να υπάρξει μη αναστρέψιμη απώλεια ροής διείσδυσης εάν το στοιχείο χάσει νερό και στεγνώσει.
Εάν ο χρόνος διακοπής λειτουργίας είναι μικρότερος από 24 ώρες, δεν απαιτούνται μέτρα για την πρόληψη της μικροβιακής ανάπτυξης. Ωστόσο, εάν ο χρόνος διακοπής λειτουργίας υπερβαίνει τις προαναφερθείσες διατάξεις, θα πρέπει να χρησιμοποιείται προστατευτικό υγρό για τη συντήρηση του συστήματος ή το σύστημα μεμβράνης θα πρέπει να ξεπλένεται τακτικά.
